Der Beinwell wurde in der Volksmedizin als Wundheilmittel verwendet (vgl. Hager). Eine äußerliche Anwendung von Beinwell-Präparaten ist auch in der heutigen Medizin noch verbreitet. Von einer innerlichen Anwendung, wie sie früher etwa bei Gastritis vorgenommen wurde, wird aber eindringlich abgeraten. Gleiches gilt für den Konsum von Beinwell-Blättern und -Wurzeln, die unter der englischen Bezeichnung »Comfrey« als diätisches Lebensmittel angeboten werden.
Der Gemeine Beinwell enthält in den Blättern bis zu 0,2%, in den Wurzeln bis zu 0,3% Pyrrolizidin-Alkaloide. Ein typischer Vertreter ist das Symphytin. Insbesondere die im Ringsystem ungesättigten Pyrrolizidin-Alkaloide gelten als starke Lebergifte. Gefährdet sind auch Nutztiere, wenn das gefütterte Heu nennenswerte Mengen Beinwell-Blätter enthält.